งานตรวจสอบภายในภาคราชการ เริ่มมีมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2505 โดยระเบียบการเบิกจ่ายเงินจากคลัง พ.ศ. 2505 ได้กำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการแต่งตั้งข้าราชการในหน่วยงาน 1 คนหรือหลายคน เป็นผู้ตรวจสอบภายใน รับผิดชอบในการตรวจสอบการเบิกจ่ายเงินรวมทั้งการก่อหนี้ผูกพันงบประมาณรายจ่ายของเจ้าของงบประมาณนั้น ๆ และตรวจสอบงานด้านอื่นตามที่หัวหน้าส่วนราชการมอบหมายเป็นการภายใน และรายงานผลการตรวจสอบโดยตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการอย่างน้อยเดือนละครั้ง และต่อมาในปี พ.ศ. 2516 ข้อกำหนดเกี่ยวกับงานตรวจสอบภายในได้ถูกนำไปกำหนดไว้ในระเบียบการรับจ่าย การเก็บรักษา และการนำส่งเงินของส่วนราชการ พ.ศ. 2516 แทน โดยกำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการหรือผู้ว่าราชการจังหวัดแต่งตั้งข้าราชการซึ่งไม่ต่ำกว่าชั้นตรีอย่างน้อย 2 คน เป็นกรรมการตรวจสอบการเงินประจำเดือนทุกเดือน และมีการแก้ไขปรับปรุงในปี พ.ศ. 2520 โดยเปลี่ยนแปลงหลักเกณฑ์การแต่งตั้งผู้ตรวจสอบภายในจากเดิมที่กำหนดให้ทำงานในลักษณะของคณะกรรมการการตรวจสอบการเงิน เป็นแต่งตั้งข้าราชการอย่างน้อย 1 คน เป็นผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการนั้น หรือของส่วนราชการในส่วนภูมิภาคในจังหวัดนั้น แล้วแต่กรณี

        พ.ศ. 2519 คณะรัฐมนตรีได้มีมติกำหนดให้ส่วนราชการที่เป็นกระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการที่เทียบเท่า รวมถึงจังหวัดทุกจังหวัดมีตำแหน่ง อัตรากำลัง เพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการหรือของจังหวัดโดยเฉพาะ โดยให้ปฏิบัติงานขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการหรือผู้ว่าราชการจังหวัดแล้วแต่กรณี และให้กระทรวงการคลังเป็นผู้รับผิดชอบในการฝึกอบรม

        พ.ศ. 2531 - 2532 กระทรวงการคลังได้พิจารณาเห็นสมควรให้มีการส่งเสริม สนับสนุน และผลักคันให้ส่วนราชการมีการตรวจสอบภายในที่เป็นระบบเพื่อสามารถเป็นเครื่องมือของผู้บริหารในการตรวจสอบ ติดตามการปฏิบัติงานของส่วนราชการในความรับผิดชอบได้อย่างมีประสิทธิภาพ ประกอบกับข้อกำหนดเกี่ยวกับงานตรวจสอบภายในในระเบียบการรับ จ่าย การเก็บรักษา และการนำส่งเงินของส่วนราชการ พ.ศ. 2520 ยังไม่ครอบคลุมถึงขอบเขต หน้าที่ความรับผิดชอบที่แท้จริงของการตรวจสอบภายใน จึงได้ยกเลิกข้อกำหนดเกี่ยวกับงานตรวจสอบภายในในระเบียบดังกล่าว และนำมากำหนดเป็นระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2532 (ซึ่งได้มีการปรับปรุงแก้ไขครั้งสุดท้ายในปี พ.ศ. 2542)

        ในปลายปี พ.ศ. 2541 ถึงต้นปี 2542 คณะรัฐมนตรีได้มีมติเห็นชอบในหลักการตามข้อเสนอของกระทรวงการคลังให้จัดตั้งคณะกรรมการตรวจสอบประจำกระทรวงเพื่อทำหน้าที่กำกับดูแลระบบการควบคุมภายในและการตรวจสอบภายในในภาพรวมของกระทรวง เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการตรวจสอบภายในให้เป็นเครื่องมือที่สำคัญของผู้บริหารในการควบคุม ติดตาม การใช้จ่ายเงินงบประมาณให้เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและเป็นไปตามวัตถุประสงค์ของแผนงาน งาน / โครงการต่าง ๆ และให้จัดตั้งกลุ่มงานตรวจสอบภายในระดับกระทรวง เพื่อทำหน้าที่เป็นฝ่ายเลขานุการและทำหน้าที่ผู้ตรวจสอบภายในของกระทรวงโดขมุ่งเน้นการตรวจสอบงานโครงการที่มีความสำคัญ หรือที่มีความเสี่ยงสูง หรือที่มีสัญญาณบอกเหตุว่าอาจจะมีความเสียหายเกิดขึ้น โคยประสานแผนการตรวจสอบกับหน่วยตรวจสอบภายในระดับกรม เพื่อให้การ ตรวจสอบมีขอบเขตงานที่ กว้างขวางและไม่ซ้ำซ้อนกัน