ในระหว่างวันที่ 18 สิงหาคม - 3 ตุลาคม 2524 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี และสมเด็จพระเจ้าลูกเธอเจ้าฟ้าจุฬาภรณ์วลัยลักษณ์เสด็จพระราชดำเนิน แปรประทับพระราชฐานประทับแรม ณ พระตำหนักทักษิณราชนิเวศน์ ทรงเยี่ยมราษฎรในหลายพื้นที่ของจังหวัดนราธิวาส ทรงทราบถึงปัญหาและความทุกข์ยากของราษฎรอันเนื่องมาจากพื้นที่ส่วนใหญ่ เป็นพื้นที่พรุสภาพดินเป็นดินเปรี้ยวจัดไม่สามารถปลูกพืชได้ จึงมีพระราชดำรัสกับเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้อง สรุปได้ดังนี้

          "...ศูนย์ศึกษาการพัฒนาที่มีอยู่ในจังหวัดนราธิวาสนี้ ก็เป็นศูนย์ศึกษาที่เน้นหนักไปในทางค้นคว้าวิจัย และบริการในชีวิตความเป็นอยู่แบบที่เป็นอยู่ในภาคใต้ หนักในทางดินที่เป็นพรุ ซึ่งเป็นปัญหามากเพราะยังไม่ได้ศึกษาพอ และเกี่ยวข้องกับกรมกองหลายกรมกอง ซึ่งอาจจะยัง ไม่ปรองดองกัน คือไม่เข้าใจ ก็มาวิจัยพร้อมกันที่เดียวกันก็จะได้มีความเข้าใจกันได้..."

          สำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (สำนัก งาน กปร.) จึงมีมติอนุมัติหลักการให้จัดตั้ง "ศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทอง อันเนื่องมาจากพระราชดำริ" เมื่อวันที่ 6 มกราคม พ.ศ. 2525