ในอดีตพื้นที่โครงการพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนัง อันเนื่องมาจากพระราชดำริ แห่งนี้เคยเป็นพื้นที่มีความอุดมสมบูรณ์ ประชาชนส่วนใหญ่ประกอบอาชีพเพาะปลูกมีการทำนามากที่สุด โดยอาศัยน้ำจากแม่น้ำปากพนัง ซึ่งเป็นแม่น้ำสายสำคัญของลุ่มน้ำปากพนัง จึงเป็นแหล่งปลูกข้าวชั้นดีของภาคใต้ รวมทั้งเป็นศูนย์กลางแห่งความเจริญรุ่งเรืองทุกๆ ด้าน จนเป็นที่รู้จักของผู้คนอย่างกว้างขวางในนาม “เมืองแห่งอู่ข้าว อู่น้ำ”

          ปัจจุบัน “ลุ่มน้ำปากพนัง” ที่อดีตเคยอุดมสมบูรณ์ กลับมีปัญหาหลายประการเกิดขึ้นด้วยสาเหตุจากสภาพแวดล้อมที่เปลี่ยนไป คือ จากจำนวนประชากรที่เพิ่มมากขึ้นด้วย แต่ป่าไม้ซึ่งเป็นต้นน้ำ ลำธาร กลับลดจำนวนลงอย่างรวดเร็ว ทำให้ปริมาณน้ำจืดที่ป่าเคยดูดซับไว้ ไหลลงในแม่น้ำปากพนังและลำน้ำสาขาในช่วงฤดูแล้งลดลงด้วย ปริมาณน้ำจืดที่เคยมีใช้ปีละ 8–9 เดือน ลดลงเหลือปีละ 3 เดือน เท่านั้น

          เนื่องจากลักษณะของแม่น้ำปากพนัง มีระดับท้องน้ำอยู่ต่ำกว่าระดับน้ำทะเลและมีความลาดชันน้อย เมื่อน้ำจืดทางด้านต้นน้ำมีปริมาณน้อย ทำให้น้ำเค็มสามารถรุกล้ำเข้าไปในแม่น้ำปากพนังและลำน้ำสาขาเป็นระยะทางเกือบ 100 กิโลเมตร

          นอกจากนี้ ตอนใต้ของลุ่มน้ำปากพนัง ยังมี “พรุควนเคร็ง” ซึ่งเป็นพื้นที่ลุ่มขนาดใหญ่ ประมาณ 200,000 ไร่ มีน้ำท่วมขังตลอดปี มีสารไพไรท์อยู่ในชั้นดินทำให้ดินมีสภาพเป็นกรด และปัญหาน้ำเปรี้ยว ราษฎรไม่สามารถใช้ประโยชน์เพื่อการเกษตรได้

          รวมทั้งน้ำเน่าเสียจากการเพาะเลี้ยงกุ้งกุลาดำ ได้ไหลลงในลำน้ำต่างๆ จนไม่สามารถนำน้ำไปใช้ในการเพาะปลูกได้ กลายเป็นปัญหาที่ขัดแย้งระหว่างชาวนาข้าว และชาวนากุ้งอีกด้วย

          อุทกภัยเป็นปัญหาสำคัญอีกประการหนึ่งของลุ่มน้ำปากพนังที่เกิดขึ้นในช่วงฤดูฝน เนื่องจากมีปริมาณฝนตกมากๆ แต่พื้นที่ลุ่มน้ำเป็นพื้นที่ลุ่มราบเรียบ มีความลาดชันน้อย ประกอบกับภาวะอุทกภัยมักจะเกิดในช่วงน้ำทะเลหนุนสูง ทำให้ไม่สามารถระบายน้ำออกสู่ทะเลได้ เกิดภาวะน้ำท่วมทำความเสีย หายให้แก่พื้นที่เพาะปลูก และพื้นที่ชุมชนเมืองเป็นบริเวณกว้างขวาง

          ดังนั้นโครงการพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนัง อันเนื่องมาจากพระราชดำริ จะเป็นหนทางหนึ่งที่จะช่วยพลิกฟื้นความอุดมสมบูรณ์ ให้กลับคืนสู่พื้นที่ลุ่มน้ำปากพนัง

          พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระราชดำริในการฟื้นฟูและพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนัง แก่หน่วยงานที่เกี่ยวข้องรับใส่เกล้าฯ มาดำเนินการนั้น มีอยู่ด้วยกันหลายครั้งในหลายโอกาส โดยสามารถสรุปพระราชดำริเกี่ยวกับโครงการได้ ดังนี้

          1. ให้เร่งดำเนินการก่อสร้างประตูระบายน้ำปากพนัง เพราะเป็นจุดเริ่มต้น และเป็นงานหลักในการแก้ไขปัญหาการขาดแคลนน้ำจืด

          2. ให้แก้ไขปัญหาน้ำท่วมในพื้นที่ทำกินของราษฎร ควรดำเนินการดังนี้

                    - ขุดคลองระบายน้ำฉุกเฉินพร้อมก่อสร้างอาคารควบคุมปากคลอง เพื่อการระบายน้ำจากแม่น้ำปากพนังออกทะเลที่บริเวณหน้าประตูน้ำปากพนัง กรณีเกิดอุทกภัย

                    - ขุดขยายคลองท่าพญา พร้อมก่อสร้างประตูระบายน้ำริมทะเล เพื่อการระบายน้ำออกอีกทางหนึ่ง

                    - ขุดลอกคลองบ้านกลาง คลองปากพนัง คลองหน้าโกฏิ พร้อมก่อสร้างประตูระบายน้ำคลองปากพนังและประตูระบายน้ำคลองหน้าโกฏิ เพื่อช่วยการระบายน้ำลงทะเลให้เร็วขึ้น

                    - ขุดคลองระบายน้ำชะอวดแพรกเมือง พร้อมก่อสร้างประตูระบายน้ำออกจากพื้นที่โครงการฯ ลงสู่ทะเลกรณีเกิดอุทกภัย

          3. กำหนดแนวเขตให้ชัดเจนและเหมาะสม เพื่อแยกพื้นที่น้ำจืดและพื้นที่น้ำเค็มออกจากกันให้แน่นอน โดยกำหนดให้ทิศตะวันออกของคลองปากพนัง (คลองหัวไทร) เป็นพื้นที่น้ำเค็ม โดยมอบให้กรมประมง พัฒนาจัดระบบชลประทานน้ำเค็ม ทั้งนี้กรมชลประทาน กับกรมประมง ตลอดจนผู้เกี่ยวข้องร่วมกันพิจารณาหาแนว เขตที่เหมาะสมที่สุด

          4. พื้นที่ทางทิศตะวันตกของลุ่มน้ำปากพนังเป็นเทือกเขาสูง ให้พิจารณาวางโครงการและก่อสร้างอ่างเก็บน้ำ หรือฝายทดน้ำ เพื่อช่วยเหลือพื้นที่การเกษตร เพื่อการอุปโภคบริโภค และช่วยบรรเทาอุทกภัยในพื้นที่ตอนล่าง

          5. ให้พิจารณาก่อสร้างคลองลัดเชื่อมระหว่างแม่น้ำปากพนังด้านท้าย ปตร.อุทกวิภาชประสิทธิ และท้าย ปตร.ฉุกเฉิน เพื่อลดระดับยอดคลื่นเรโซแนนของน้ำ

          6. ควรจัดตั้งศูนย์ศึกษาเฉพาะกิจที่บริเวณประตูระบายน้ำหน้าโกฏิ ในพื้นที่ของกรมประมงเพื่อทำการทดลองศึกษาและวิจัยด้านการประมงแบบครบวงจร

          7. ควรพิจารณาเกี่ยวกับระบบระบายน้ำเสียจากนากุ้ง และน้ำเปรี้ยวจากพรุ รวมทั้งระบบบำบัดน้ำเสียจากชุมชน เช่น เขตชุมชนอำเภอเชียรใหญ่ และอำเภอชะอวด เพื่อให้น้ำจืดที่กักเก็บไว้ในลำคลองต่างๆ ในเขตลุ่มน้ำ สามารถนำมาใช้ในการอุปโภคบริโภคได้อย่างสมบูรณ์