พ.ศ. 2521 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชดำริว่าในอนาคตจะมีการขยายการทำสวนผลไม้เพิ่มขึ้นอีกจำนวนมาก ถึงแม้จังหวัดจันทบุรีจะมีปริมาณฝนมาก จำนวนวันที่ฝนตกกว่าครึ่งปี จนเกิดน้ำไหลหลากท่วมจังหวัดจันทบุรีเป็นประจำ แต่ฤดูแล้งจะขาดน้ำ พระองค์ทรงวางแนวทางการช่วยเหลือราษฎร โดยการสร้างแหล่งน้ำขนาดเล็กเป็นระยะๆ ในลำธาร ลำคลองตามร่องเนินในรูป อ่างพลวง เพื่อกักเก็บน้ำไว้ใช้ในการเกษตร และป้องกันน้ำท่วมในอนาคต พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชกระแส ให้คณะทำงานโครงการพัฒนาตามพระราชดำริ สำรวจพื้นที่ และพระราชทานทรัพย์ส่วนพระองค์จัดซื้อที่ดินสวนไม้ผล ซึ่งมีลำคลองพาดผ่านพื้นที่ ในอำเภอมะขาม จำนวน 109 ไร่ เพื่อเตรียมวางโครงการก่อสร้างอ่างเก็บน้ำขนาดเล็กไว้เป็นตัวอย่าง แต่ราษฎรในพื้นที่ไม่เข้าใจปัญหาเกรงว่าจะเกิดน้ำท่วม พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชดำริให้ชะลอไว้ก่อนโดยเปลี่ยนไปสร้างอ่างเก็บน้ำในพื้นที่อื่น ที่ราษฎรมีความต้องการ

          พ.ศ. 2524 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชดำริกับคณะทำงานโครงการพัฒนาตามพระราชดำริ ให้ตั้งศูนย์พัฒนาไม้ผล ให้เป็นตัวอย่างในการประกอบอาชีพแก่ราษฎร และสร้างแหล่งน้ำไว้ใช้ในฤดูแล้ง โดยแบ่งพื้นที่ออกเป็นสวนผลไม้ จำนวน 60 ไร่ สระเก็บน้ำ จำนวน 12 ไร่ และพื้นที่ว่างเปล่า จำนวน 37 ไร่ เพื่อทำการศึกษา ทดลองทางการเกษตร โดยอยู่ในการควบคุมดูแลของกรมทหารราบที่ 21 รักษาพระองค์ฯ ได้ดำเนินการปรับปรุงบำรุงดิน พัฒนาระบบการส่งน้ำ และการปลูกไม้ผลตามหลักวิชาการ มีความก้าวหน้ามาโดยลำดับ

          พ.ศ. 2548 พลเอก นิพนธ์ ภารัญนิตย์ ที่ปรึกษาโครงการพัฒนาตามพระราชดำริ สำนักราชเลขาธิการ ได้ขอความร่วมมือกับปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ และผู้ว่าราชการจังหวัดจันทบุรี ขอให้หน่วยงานราชการต่างๆ ร่วมกันปรับปรุงศูนย์พัฒนาไม้ผลฯ ตามหลักบูรณาการ ทั้งนี้ ผู้ว่าราชการจังหวัดจันทบุรี ได้พิจารณาแต่งตั้งคณะทำงานศูนย์พัฒนาไม้ผลฯ โดยมีหัวหน้าส่วนราชการที่เกี่ยวข้องเป็นกรรมการ สำหรับเจ้าหน้าที่นักวิชาการจากหน่วยงานต่างๆ และผู้นำชุมชนในพื้นที่เป็นคณะทำงาน และร่วมกันกำหนดแผนแม่บท พัฒนาศูนย์พัฒนาไม้ผลฯ ระยะ 4 ปี (พ.ศ. 2551-2554) เพื่อให้เป็นศูนย์ศึกษาด้านการเรียนรู้ตามหลักปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง และพัฒนาผลผลิตทางการเกษตรในรูปแบบเกษตรอินทรีย์ รวมถึงส่งเสริมการผลิตให้สามารถจำหน่ายได้ทั้งภายในและภายนอกประเทศ ตลอดจนขยายผลให้ราษฎรนำไปปฏิบัติให้บังเกิดผลเป็นรูปธรรม และให้ศูนย์พัฒนาไม้ผลฯ เป็นแหล่งศึกษาเรียนรู้ของราษฎรทั่วไปอย่างสมบูรณ์