กลุ่มงานที่รายงานตรงต่ออธิบดี สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 7
สำนักงานเลขานุการกรม สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 8
กองการเจ้าหน้าที่ สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 9
กองคลัง สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 10
กองเทคโนโลยีชีวภาพทางดิน สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 11
กองนโยบายและแผนการใช้ที่ดิน สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 12
กองแผนงาน สำนักเทคโนโลยีการสำรวจและทำแผนที่
กองวิจัยและพัฒนาการจัดการที่ดิน สำนักวิทยาศาสตร์เพื่อการพัฒนาที่ดิน
กองสำรวจดินและวิจัยทรัพยากรดิน สำนักวิศวกรรมเพื่อการพัฒนาที่ดิน
ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร    
สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 1    
สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 2    
สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 3    
สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 4    
สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 5    
สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 6