เมื่อวันที่ 13 เมษายน 2533  คณะกรรมการคอมพิวเตอร์ ของรัฐได้อนุมัติระบบเครือข่าย คอมพิวเตอร์กรมพัฒนาที่ดินระยะที่ 1 ซึ่งมีเครือข่ายเชื่อมต่อข้อมูลระหว่างกองส่วนกลางและสำนักงาน ที่ดินเขตทั้ง 12 เขต
        ในปี 2534 – 2535 กรมพัฒนาที่ดินจึงได้ทำการจัดซื้อระบบคอมพิวเตอร์ระยะที่ 1 ดังกล่าว จำนวน 14,199,400 บาท เป็นการจัดซื้อ Hardware Software อุปกรณ์ Network โดยติดตั้งแล้วเสร็จต้นปีงบประมาณ 2536 และได้เปิดใช้ระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์อย่างเป็นทางการขึ้น ในวันที่ 23 พฤษภาคม 2536 ซึ่งเป็นวันคล้ายวันสถาปนากรมพัฒนาที่ดิน ครบรอบ 30 ปี ในปี 2539 กรมพัฒนาที่ดิน ได้ว่าจ้างมหาวิทยาลัยมหิดลจัดทำแผนแม่บท “การพัฒนาระบบคอมพิวเตอร์กรมพัฒนาที่ดินระยะที่ 2” เพื่อขยายเครือข่าย (จากเดิมเชื่อมสำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 12 เขต) เป็นการเชื่อมต่อถึงระดับฝ่าย ทุกฝ่าย และสถานีพัฒนาที่ดินจังหวัด ทุกจังหวัดในขณะนั้น ต่อมาสำนักงบประมาณได้อนุมัติเงิน ในวงเงิน 75,056,000 บาท ให้พัฒนาระบบคอมพิวเตอร์ ในปี 2540 และติดตั้งแล้วเสร็จในปี 2542
         เพื่อให้ภารกิจในการดำเนินการด้านระบบเครือข่ายและสารสนเทศ ของกรมพัฒนาที่ดิน เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ กรมพัฒนาที่ดิน จึงได้จัดตั้งหน่วยงานเป็นการภายใน (ระดับกอง) ให้กำกับ ดูแลระบบเครือข่าย และสารสนเทศ ดังกล่าวขึ้น ชื่อว่า ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ ตามคำสั่ง กรมพัฒนาที่ดิน ที่ 1596/2542 เมื่อวันที่ 22 ธันวาคม พ.ศ. 2542
       ในปี 2545 ได้มีการจัดตั้ง ศูนย์สารสนเทศ อันเป็นผลสืบเนื่องจากการปฏิรูประบบราชการ ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2545 ลงวันที่ 9 ตุลาคม 2545 โดยมีฐานะเทียบเท่ากอง เป็นหน่วยงานกลางจัดหาระบบ งานต่างๆ และสนับสนุนการใช้เทคโนโลยีสารสนเทศ ระบบเครือข่ายของกรมพัฒนาที่ดิน ทั้งส่วนกลางและส่วนภูมิภาค

        ในปี 2550   กรมพัฒนาที่ดิน ได้เห็นชอบการปรับปรุงโครงสร้างของศูนย์สารสนเทศ โดยได้แต่งตั้งเป็นการภายในขึ้นเป็น สำนักเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร ลงวันที่ 26 กันยายน 2550
       ในปี 2555 กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2555 ได้แบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน จำนวน 22 หน่วยงาน กรมฯ ได้มีคำสั่งกรมพัฒนาที่ดินที่ 435/2555 ลงวันที่ 26 เมษายน 2555 แก้ไขชื่อหน่วยงานจาก "สำนักเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร" เป็น "ศูนย์สารสนเทศ" ตามกฎกระทรวงดังกล่าว

        ในปี 2557กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2557 ลงวันที่ 19 ธันวาคม 2557 ได้แบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน จำนวน 24 หน่วยงาน แก้ไขชื่อหน่วยงานจาก "ศูนย์สารสนเทศ" เป็น "ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร" ตามกฎกระทรวงดังกล่าว